Hristo Stoichkov bắt đầu sự nghiệp cầu thủ chuyên nghiệp năm 1984 khi mới 18 tuổi với CLB ZSKA Sofia tại giải hạng nhất Bulgaria. Điểm nổi bật của ông là kỹ thuật hoàn chỉnh, tốc độ cao và cái chân trái cực khéo. Sau khi đã giành được 3 chức vô địch quốc gia và 5 cúp quốc gia, năm 1990 ông đã chuyển sang thi đấu cho CLB FC Barcelona tại Tây Ban Nha.

Trong 5 năm thi đấu tại Barcelona, ông cùng đồng đội đã liên tiếp giành 5 chức vô địch La Liga liên tiếp. Năm 1994 là năm cực kỳ thành công của Stoichkov. Sau khi, ông giành được những vinh quang cùng với CLB Barcelona tại La Liga, ông đã cùng các đồng đội đưa đội tuyển bóng đá quốc gia Bulgaria vào đến bán kết giải vô địch bóng đá thế giới (World Cup), đoạt luôn giải vua phá lưới với 6 bàn thắng và qua đó được bầu là cầu thủ xuất sắc nhất năm của FIFA.

Sau những thành công đó cùng gánh nặng tuổi tác, ông đã chuyển sang chơi cho Parma F.C. năm 1995. Tuy nhiên chỉ sau đó một năm ông đã lại trở về chơi cho "Barça". Sau World Cup cuối cùng không mấy thành công với đội tuyển Bulgaria ông đã chuyển sang thi đấu tại các giải nhà nghề của Liban, Nhật Bản và Mỹ.

Stoichkov đã 4 lần được bầu là cầu thủ của năm tại Bulgaria, đã chơi tổng cộng 84 trận cho đội tuyển quốc gia và ghi được 38 bàn thắng. Tháng 6 năm 2004, ông lên thay Plamen Markov làm huấn luyện viên trưởng đội tuyển quốc gia Bulgaria đến tháng 4 năm 2007.